Za vodno gospodarstvo je karakteristično, ne samo u nas, da se ne ostvaruju nikakva sredstva na tržišnim osnovama. Ne proizvode se nikakvi proizvodi, a niti se obavljanjem poslova i javnih ovlasti u upravljanju vodama pružaju usluge za koje je moguće ostvarivati ekvivalentnu cijenu od osoba koje su korisnici u vodnom sustavu. Korisnici se ne mogu odreći učinaka što se ostvaruju obranom od poplava i drugih oblika zaštite od štetnog djelovanja voda i zaštitom voda od onečišćenja kao i korisnih učinaka drugih vodnogospodarskih poslova što se provode u interesu svih pravnih i fizičkih osoba. Tom se djelatnošću stvaraju uvjeti za normalan život i rad svih osoba i za obavljanje različitih djelatnosti.
 
Stoga je sredstva za financiranje vodnog gospodarstva moguće osigurati samo u proračunu ili iz doprinosa i naknada što ih plaćaju korisnici  u vodnom sustavu. Na taj način se financirajju ove potrebe i u drugim zemljama uz različiti opseg učešća sredstva iz državnog proračuna jedinica lokalne samouprave u odnosu na sredstva što se ostvaruju iz autonomnih parafiskalnih izvora.
 
Izvori sredstva financiranja vodnog gospodarstva jesu:

• Državni proračun
  Sredstvima državnog proračuna financiraju se poslovi i namjene s obilježjem javnih službi u upravljanju vodnim gospodarstvom, i radovi građenja i održavanja regulacijskih i zaštitnih vodnih građevina na takvim vodama. Tu spadaju i izdaci za pripremu Vodnogospodarske osnove Hrvatske, provođenje Državnog plana za obranu od poplava, ustrojenje i vođenje vodnogospodarskog informacijskog sustava, izdavanje vodopravnih akata. Izdaci što se odnose na financiranje poslova upravljanja lokalnim vodama namiruju se iz sredstava vodne naknade.
  
  
• Vodne naknade
  Sredstva od naknada se smatraju javnim prihodima i mogu se koristiti samo za namjene određene Zakonom o financiranju vodnoga gospodarstva. Naknade su parafiskalna sredstva, koja se kao i porezi, plaćaju na temelju zakonske obveze, čija se visina određuje u skladu sa zakonom ili propisom donesenim na temelju zakonske ovlasti, i čija se sredstva koriste za financiranje javnih potreba.
  
  
• Proračuni jedinica područne (regionalne) samouprave i jedinica lokalne samouprave
  Sredstvima iz proračuna jedinica područne samouprave i jedinica lokalne samouprave financiraju se ulaganja u građenje regulacijskih i zaštitnih vodnih građevina na lokalnim vodama u skladu s planom upravljanja lokalnim vodama. Tehničko i gospodarsko održavanje takvih vodnih građevina financira se na teret vodne naknade, a ako sredstva te naknade nisu dovoljna, tada se razlika osigurava na teret sredstava proračuna jedinica područne samouprave i jedinica lokalne samouprave. Iznos će ovisiti o tome na kojem se dijelu slivnog područja izvode radovi, o koristi koja se radovima postiže i o mogućnosti za ostvarivanje vodne naknade. Nerealno planiranje, podcijenjene stope vodne naknade i podbačaj u naplati naknade na cijelom ili dijelu slivnog područja neposredno utječu na opseg sredstava što se namiruju iz proračuna.
  
  
• Ostali izvori
  Osobe zainteresirane za postizanje većeg stupnja sigurnosti i zaštite vlastite imovine ili ostvarenje drugih korisnih namjena, mogu vlastitim sredstvima financirati izvođenje određenih radova u vodnom sustavu bilo na vlastitom zemljištu ili na zemljištu kojim upravljaju Hrvatske vode. To mogu biti različiti radovi, kao što su građenje nasipa, povišenje već izgrađenih nasipa, radovi za otklanjanje opasnosti od erozija i bujičnih voda, građenje kanala za odvođenje suvišnih voda do prijemnika, radovi u vezi sa zahvaćanjem voda za  navodnjavanje i sl. U tu svrhu potrebno je zaključiti ugovor s Hrvatskim vodama, kojim se, pored ostalog, utvrđuju uvjeti financiranja i obveze u vezi s održavanjem izgrađenih objekata. Ako se takvi radovi izvode u koncesijskom odnosu, prava i obveze se uređuju ugovorom o koncesiji.