Hrvatske vode su državna agencija odgovorna za gospodarenje vodama. Kao provedbeno tijelo za sve mjere u okviru Prioritetne osi 2. - Zaštita vodnih resursa RH kroz unaprjeđenje sustava vodoopskrbe i odvodnje otpadnih voda, izravno su odgovorne za pripremu i provedbu natječaja te provedbu projekata, kao i za ugovaranje i plaćenje na projektnoj razini, u skladu sa svim procedurama i pravilima PRAG-a, FIDIC-a, EBRD-a i drugih međunarodnih institucija (ukoliko ih bude), te u skladu s cjelokupnim nacionalnim zakonodavstvom. U skladu s tim obavljat će sljedeće dužnosti:

• provjera dokumentacije za nadmetanje zaprimljene od ustanova-korisnika i priprema potpune natječajne dokumentacije
• organizacija natječajnih postupaka i postupaka dodjele ugovora
• nastupa kao ugovaratelj
• provedba ugovora
• priprema i slanje zahtijeva za plaćanje tijelu nadležnom za mjeru/prioritet
• obavlja plaćanje i povrat sredstava od krajnjeg korisnika
• osiguranje da tijelo/a nadležna za prioritet/mjeru primi(e) sve potrebne informacije o procedurama i provjerama koje se obavljaju u vezi s troškovima
• provođenje provjera kako bi se osiguralo da iskazani trošak uistinu i nastao sukladno važećim pravilima, da je roba dostavljena ili usluge izvršene sukladno s odlukom o davanju suglasnosti, te da su zahtjevi za plaćanje izdani od strane krajnjeg korisnika točni. Te provjere odnose se na administrativne, financijske, tehničke i materijalne aspekte aktivnosti, kako bude primjereno
• podrška u izradi dokumentacije za sektorski nadzorni odbor o napretku postignutom u cilju ostvarivanja ciljeva mjera
• podrška u izradi sektorskih godišnjih i završnih izvješća o provedbi
• vođenje zasebnog računovodstvenog sustava ili zasebnog računovodstvenog šifriranja
• interna revizija
• čuvanje sve dokumentacije i osiguranje da sve relevantne informacije budu dostupne kako bi se osigurao dovoljno detaljan revizorski trag
• izvještavanje o nepravilnostima

Struktura Hrvatskih voda

Djelovanje Hrvatskih voda kao Provedbenog tijela (HVEU) unutar Operativne strukture organizirano je kroz dvije jedinice:

1. Jedinica za pripremu I provedbu projekata sufinanciranih sredstvima EU (UPI), a sastoji se od dva odjela:

• Odjel za pripremu I provedbu projekata sufinanciranih sredstvima EU (SePI)
• Odjela za ugovaranje (SeC)

2. Ured za ekonomsko financijske poslove unutar HVEU (FEO)