Djelatnost Hrvatskih voda je upravljanje vodama u granicama sljedećih poslova:
Priprema nacrta prijedloga Strategije upravljanja vodama, priprema nacrta prijedloga Plana upravljanja vodnim područjima, priprema nacrta prijedloga višegodišnjih programa gradnje, donošenje detaljnih planova i programa uz planove upravljanja vodnim područjem; priprema prijedloga financijskog plana i donošenje Plana upravljanja vodama, u studijskim i analitičkim poslovima – izrada projektnih zadataka, koncepcijskih rješenja, studija i investicijskih programa i revizija projektne dokumentacije, osim kontrole glavnih projekata u smislu propisa o prostornom uređenju i gradnji,
Praćenje i utvrđivanje hidroloških prilika (uključivo motrenje, prikupljanje, kontrolu, obradu, čuvanje i objavu hidroloških podataka, analizu hidrološkog režima, prognozu hidroloških ekstremnih pojava, poplava i suša), procjena poplavnih rizika, praćenje stanja vodotoka i stanja regulacijskih i zaštitnih vodnih građevina; investitorski poslovi u gradnji i održavanju regulacijskih i zaštitnih vodnih građevina; nadzor nad građenjem i održavanjem regulacijskih i zaštitnih vodnih građevina; upravljanje poplavnim rizicima; rukovođenje i nadzor te provedba preventivne, redovite i izvanredne obrane od poplava,
Investitorski poslovi u gradnji i održavanju građevina za osnovnu melioracijsku odvodnju; nadzor nad građenjem i održavanjem građevina za osnovnu melioracijsku odvodnju,
Utvrđivanje zaliha voda, skrb o strateškim zalihama voda, vodoistražni radovi; davanje mišljenja na provedbene propise koje na temelju Zakona o vodama donose jedinice lokalne samouprave i/ili jedinice regionalne (područne) samouprave; poduzimanje drugih mjera za namjensko i racionalno korištenje voda; sufinanciranje gradnje građevina javne vodoopskrbe i nadzor nad namjenskim trošenjem sredstava u gradnji,
Upravljanje kakvoćom voda, provedba monitoringa površinskih, uključivo i priobalnih voda i podzemnih voda, uključivo i laboratorijske poslove u provedbi monitoringa, primjena i nadzor nad primjenom drugih obveznika primjene mjera iz Državnoga plana mjera za slučaj izvanrednih i iznenadnih onečišćenja, davanje mišljenja, a iznimno i suglasnosti, na provedbene propise koje na temelju Zakona o vodama donose jedinice lokalne samouprave i/ili jedinice regionalne (područne) samouprave, sufinanciranje gradnje građevina javne odvodnje otpadnih voda i nadzor nad namjenskim trošenjem sredstava u gradnji,
Upravljanje projektima gradnje građevina za navodnjavanje u vlasništvu jedinica područne (regionalne) samouprave sukladno nacionalnim programima i projektima; sufinanciranje gradnje građevina za navodnjavanje u vlasništvu jedinica područne (regionalne) samouprave,
U vođenju vodne dokumentacije i jedinstvenoga informacijskog sustava voda te izdavanje vodopravnih akata u skladu sa Zakonom o vodama,
U stručnim poslovima u vezi s davanjem koncesija za gospodarsko korištenje voda,
U stručnom nadzoru nad provođenjem uvjeta iz vodopravnih akata i koncesijskih uvjeta (vodni nadzor),
U obračunu naknada za koncesije za gospodarsko korištenje voda,
U obračunu i naplati vodnih naknada u skladu sa zakonom kojim se uređuje financiranje vodnoga gospodarstva,
U upravljanju posebnim projektima određenih zakonom, odlukom Vlade Republike Hrvatske ili Upravnoga vijeća Hrvatskih voda,
I u drugim poslovima stavljeni u nadležnost Hrvatskim vodama Zakonom o vodama, drugim zakonom i statutom Hrvatskih voda.